A Stand Alone Complex második sorozata lényegében ott folytatja ahol az első abbahagyta, mégis különálló történet amely az előzmények nélkül is érthető. Ezért a történeti fonal kezdetén az ideiglenes kényszerpihenője után a 9-es szekció visszatér azokba az eseményekkel teli hétköznapokba amit egy jövőbeli speciális ügynökségtől elvárhatunk. Megoldandó esetek ezúttal is bőven akadnak, egyre bonyolultabb szövevényét alkotva a tényeknek és az általuk felvetődő kérdéseknek.
Az alapszituáció a negyedik világháború óta japánban élő menekültek kérdése körül bonyolódik, mivel sokan vannak és a politikai vezetők évek óta vonakodnak tisztázni a helyzetüket. A helyzet egyre komolyabb lesz, ahogy fellép egy titokzatos terrorista csoport, az "Individual Eleven", akik a menekülteket támogatják. A menekülteket fogja össze Kuze Hideo, egy teljes cyborg kezdetben ismeretlen múlttal, akinek egyre fontosabb szerep jut a kibontakozó konfliktusban. A háttérből befolyásolja az eseményeket kezdetben ismeretlen módon a kormány hírszerzésének egy eltorzult arcú hivatalnoka, Gouda Kazundo. Végül pedig japán első női miniszterelnöke megpróbálja elsimítani a feszültséget, pedig azzal a céllal juttaták hatalomra hogy bábként mindenbe beleegyezzen. Ilyen módon a történetnek több oldala van és ennek közepébe mintegy egyensúlyozóként csöppen bele a 9-es szekció. Persze hőseink nem maradnak erősítés nélkül. Egyrészt visszatérnek a Tachikomák, pontosan olyan gyermeki viselkedéssel mint amilyenek voltak, másrészt néhány új tag is belép.
Mint az előző sorozatban, most is vannak részek amik csak lazán kapcsolódnak a fő történeti szálhoz, inkább a történet univerzumáról mutatnak képet. Viszont ami hiányzott előzőleg, arra már nem lehet panasz. Betekintést nyerhetünk néhány fontosabb szereplő személyiségébe, múltjába. Egy-egy rész erejéig néhányuk kiemelt szerepet kap. Togusát indokolatlan fegyverhasználattal vádolják meg, Pazu látszólag egy gyilkosságot követ el, Saito kártyázás közben elmeséli miként vesztette el a bal szemét, Batout pedig magányos berlini megfigyelésén lehet látni. Habár Kuze Hideo nem tartozik az eredeti GitS univerzumba, mégis érdemes végigkövetni sorsát. A legérdekesebb Motoko múltja, megtudhatjuk miként lett belőle teljes cyborg és hogy ez hogyan kapcsolódik a jelen eseményeihez.
Grafika, animáció és zene terén nem változott semmi az első sorozat óta, minden olyan kiváló mint volt, erre garancia a Production I.G és Kanno Yoko. A történet pedig remekül megtervezett és kivitelezett, a fordulatok gondoskodnak arról hogy ne unatkozzunk. Külön érdekesség hogy a záró jelent ugyanaz mint amivel a manga kezdődik. Mindenképpen érdemes megnézni, hiszen egyformán van benne pörgős akció, lenyűgöző cyber-világ és elgondolkodtató események. Aki viszont látta az első sorozatot és tetszett neki, annak kötelező darab.