Japán legmagasabb hegye, magassága 3776 méter. A hegy vulkáni tevékenység következtében alakult ki. A Fuji ma is aktív vulkán, alacsony veszélyességi fokkal. Az utolsó kitörés 1707-ben volt. Legtöbbször neve után helyezik a -san udvariassági kötőszót.
A ginko vagy ginkgo (Ginko biloba) egy ősi fafajta. Magyarul páfrányfenyőnek nevezik, a fajnak egyetlen közeli rokona sem él mára, így élő fosszíliának tekinthető. Kínából származik, és mivel a konfucianizmus különleges szerepet tulajdonít neki, azzal együtt Japán-szerte is elterjedt. Tűrőképessége nagyon nagy, igénytelen növény. Nagyon hosszú életű faj, egyes példányok életkorát 3500 évre becsülik. Gyógynövényként is használják, mint memória-javítót.
Az onsenek, azaz hőforrások Japán egész területén fellelhetők és igen gyakoriak, gyógyító hatásuk már évezredek óta ismert. Japán számos híres onsenje gyógyítási központként vált ismertté. Többféle onsen típus létezik: a homatsuyoku pezsgőfürdőt jelent, az utaseyu lezúduló vízoszlopot, amelynek kiváló masszírozó hatása van a fájdalmas testrészekre, a rotenburo nyitott fürdőt, melynél a kellemes természetes környezetben rejlik a gyógyító, pihentető hatás.
A sakura, azaz cseresznyevirág Japán nemzeti virága. A japán kultúrában előkelő helyet foglal el, virágzását évszázadok óta ünneplik meg. Sok-sok fajta nemesített cseresznye létezik az országban, rószaszín és fehér, 5 vagy több szirmú virágokkal. A legtöbb csupán pár napig virágzik. Érdekes, hogy ezek a cseresznyefajták nem teremnek élvezhető gyümölcsöt, kizárólag virágaik szépségéért ültetik és kedvelik őket.
A tanuki (Nyctereutes procyonoides), angol nevén racoon dog, magyarul pedig nyestkutya, Ázsia őshonos állata. Bár nagyon hasonlít a mosómedvére, nem az, de gyakran összekeverik a kettőt. A kutyafélék családjába tartozik. Japánban a tanukikról rengeteg monda és hiedelem létezik, mint például, hogy a tanukik képesek bármivé átalakulni, akár emberekké is. Sokszor csintalannak ábrázolják őket, amint becsapják, megviccelik az embereket. Egy másik hiedelem szerint a hímnemű tanukik heréi igen nagyok, ám japánban ennek nem szexuális jelentése van, hanem szerencsét jelent. Japánban nagyon sokszor elevenítik meg szobrokon e kedves állatot, kiemelve a nagy méreteit :).
Szökőár, mely tenger alatti földrengések következtében alakul ki. A tengerfenéken lévő kőzetlemezek egymáshoz képest elmozdulnak, és hatalmas víztömeg-áramlás keletkezik, mely a part felé közeledve egyre nagyobb hullámokat eredményez. A hullámok 30 méteresek is lehetnek, és sebességük elérheti a 200 km/órát. Japán térségében a földrengések gyakoriak, ezért fejlett szökőár-előrejelző rendszerrel védekeznek a katasztrófák ellen.