2079-ben egy minden eddigitől különböző létforma bukkant fel a Földön. Ezek a mikrocella alapú szerveződések kényük-kedvük szerint tudják átstruktúrálni a cellaszerkezetüket és ezzel az alakjukat, formájukat. Nincs gyenge pontjuk, a teljes elpusztításukhoz a lény összes celláját meg kell semmisíteni. Ezek a cella alapú lények a kipusztítandó fajok közé sorolták be az emberiséget, és hozzá is láttak a feladat végrehajtásához.
Két év és az emberi populáció egyharmadának a pusztulása kellett az embereknek ahhoz, hogy félretegyék a nemzeti érdekeiket és összefogjanak a lények ellen. És még további két év ahhoz, hogy az egyre súlyosbodó háborúban végül a tömegpusztító fegyverekhez nyúljanak. Végül ezek bevetésével sikerült legyőzni a lényeket, de az emberiség is megfizette az árát. A Föld geográfiája és éghajlata megváltozott, továbbá a háborúban odaveszett a katonaképes lakosság, vagyis a fiatal férfiak 90%-a.
Mindössze három békeév jutott az embereknek az eseményekből való kilábalásra. Ennyi időt hagytak nekik a férgek (ahogy az emberek nevezték el ezeket a cella-lényeket), akik eddigre visszatértek...
Természetesen az emberek sem ültek a babérjaikon az alatt a három év alatt, hanem kidolgoztak több kisérleti technológiát is a férgekkel szemben. Ezen új technológiák egyik eredménye az ún. Sonic Diver harci exoskeletonok, és azok pilótáit védelmező Motion Slit ruha és az azt beborító nanoskin gel. A cirkálón amely ezeknek a Sonic Divereknek otthont ad is meglátszik a fiatal férfiak hiánya. A főtisztek jórészt öregebb férfiak, a Sonic Diverek pilótái pedig fiatal lányok. Ez utóbbiak hárman vannak Eika Ichijou (17), Karen Sonomiya (16) és Otoha Sakurano (16) ők a Sky Girls osztag. Az ő feladatuk felvenni a harcot a férgekkel és egy speciális manőver bevetésével (Delta Lock) amihez mind a három Sonic Divernek az összehangolt mozgására van szükség megsemmisíteni őket.
A Sky Girls érdekessége, hogy ez az egész úgy hangzik, és az animét megtekintve úgy is tűnik, hogy itt nem a történetet írták meg először és rejtették el benne a fanszervízt, hanem pont fordítva. Kitaláltak a Konaminál valami jól hangzó moe~ dolgot (ebben az esetben harci gépeket irányító fiatal lányok) és kreáltak köré valami sztorit, amiben meg van magyarázva az, hogy miért fiatal lányok irányítják a gépeket, és az is, hogy miért csak egy vékony testhezálló ruha van rajtuk sisak nélkül, miközben nagy sebességgel száguldoznak a légtérben.
A grafika gyönyörű, és majdnem teljesen hibátlan, a lányok nagyon aranyosak (pár évvel fiatalabbnak vannak rajzolva a tényleges életkoruknál), a motion slit ruhában ráadásul úgy néznek ki, mint egy sci-fi macskalány. A személyiségük úgy van megalkotva, hogy mindegyikük egy-egy
otakuk által nagyon kedvelt archetípusba tartozzon. A fegyverek és a mechák rajongói számára is megvan minden az animében, ami kell. Egyszóval a Sky Girls a moe~/
otaku ipar 2006. évi állapotának tökéletes lenyomata lett, ennek megfelelően álljon vagy ne álljon hozzá mindenki a megtekintéséhez.